El informe final del estudio de prefactibilidad del Paso Las Leñas, dado a conocer por el Ministerio de Obras Públicas de Chile, contiene un apartado referido al impacto que la obra podría ocasionar en el medio ambiente de la zona.
Para ello, el documento incluye un análisis del ecosistema existente en el sector donde se podría construir el corredor bioceánico.
En este sentido, el estudio de prefactibilidad indica que existen siete grandes unidades vegetacionales en el sector que lleva a Las Leñas y que éstas se pueden agrupar en bosque y matorral esclerófilo, y estepa altoandina
En cuanto a la fauna, el informe revele que existen especies que se encuentran en alguna categoría de conservación. Por ejemplo, entre los reptiles están la lagartija lemniscata, la lagartija tenue, la lagartija oscura, la lagartija de los montes, la culebra de cola corta y la culebra de cola larga.
Entre las aves que se encuentran en el sector de Las Leñas con alguna categoría de conservación figuran el loro tricahue, el cóndor, la garza cuca, el halcón peregrino, el peuquito, la bandurria, la torcaza, el pato cortacorrientes y la yaca. Junto con ellos, están los mamíferos: puma, zorro culpeo y cururo.
El informe revela además que desde Termas de Cauquenes a la Laguna Pejerreyes se han identificado preliminarmente 20 sitios de interés antropológico, arqueológico y paleontológico.
El documento señala además que el paisaje presenta una gran riqueza y diversidad de atractivos, “encontrando vegetación nativa, ríos, cascadas, formaciones rocosas y fondos escénicos de altas cumbres, con variadas intervenciones antrópicas”.
El clima que se encuentra en este sector es el templado cálido y frío con lluvias invernales, junto al clima tundra por efecto de la altura.
El estudio revela que existen áreas de riesgo, como zonas en lecho de inundación, conos de deyección y de derrubios, zonas aluvionales y de riesgos geológicos (sísmicos).